Sulla Terra, otto mesi dopo la fine della Guerra di un Anno, il capitano Monica lancia una missione segreta, l’Operazione Thunderbolt, e sceglie Io per pilotare l’Atlas Gundam. Io dovrà guidare la nave d’assalto Spartan in una zona dell’Oceano controllata dalla South Seas Alliance. L’obiettivo è recuperare o distruggere i dati dello Psycho Zaku, di cui ora l’Alleanza è in possesso. Daryl, dopo aver vinto lo scontro con Io, scende sulla Terra insieme alle restanti forze del Principato di Zeon, anche lui per ottenere informazioni sullo Psycho Zaku. Combattendo con i suoi nuovi compagni, Io incontra Peer, comandante della guarnigione di frontiera della South Sea Alliance. In mare, sul ghiaccio e attraverso la giungla, i mobile suit di Zeon, della Federazione e dell’Alleanza si scontreranno in una battaglia senza tregua.
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