Last Order narra gli eventi antecedenti alla trama di Final Fantasy VII e si basa su due flashback. Il primo ruota attorno agli eventi di Nibelheim cinque anni prima Final Fantasy VII e si concentra su Zack Fair, Cloud Strife, Tifa Lockhart e Sephiroth. L'altro vede invece Zack e Cloud fuggire dalla ShinRa. I due flashback sono collegati fra loro attraverso i pensieri di Tseng, comandante dei Turks. Last Order crea anche le basi per il gioco per PSP Crisis Core: Final Fantasy VII, e serve ad introdurre il gioco per cellulare Before Crisis: Final Fantasy VII.
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