Non molto tempo dopo la scomparsa di Megatron e il restauro di Cybertron, gli Autobot celebrano Bumblebee, promosso alla classe di guerriero da Optimus Prime. I festeggiamenti terminano, tuttavia, quando Optimus si mette in viaggio per trovare l'AllSpark, l'origine di una nuova vita su Cybertron. Ultra Magnus è lasciato in carica in assenza di Prime per scovare Starscream, Shockwave e Predaking con gli altri Autobot. Nel frattempo, sulla Terra, nella parte inferiore dell'oceano, la coscienza di Megatron viene risvegliata da Unicron, che cerca di distruggere il suo arci-nemico Primus, che si trova nel nucleo di Cybertron, e si impadronisce del corpo di Megatron per farlo.
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